Le cisti ovariche funzionali sono legate cioè ad alterazioni ormonali del ciclo ovulatorio e come tali sono benigne, spesso transitorie ed in ogni caso sensibili alla terapia medica.
Le cisti ovariche organiche derivano da alterazioni citoistologiche più o meno gravi e pongono il problema della diagnosi e della prevenzione del carcinoma ovarico.

La maggior parte delle cisti ovariche sono funzionali ma per quanto benigne e curabili con terapia medica spesso sono asportate chirurgicamente.

Considerando che molte delle pazienti operate di cisti ovariche funzionali sono molto giovani e che, spesso, la modalità chirurgica è quella tradizionale (apertura dell'addome), si comprende quale costo sociale possa avere questo sovratrattamento (overtreatment).
L'alternativa è quella di effettuare un'accurata diagnosi differenziale tra cisti ovariche funzionali ed organiche e riservare solo a quest'ultime il trattamento chirurgico.

Gli aspetti morfologici ecografici di una cisti ovarica sono in molti casi sufficienti per stabilire che si tratta di una cisti funzionale, mentre per i casi dubbi si utilizzano i marcatori tumorali e la laparoscopia diagnostica.

Con le nuove microottiche (mm3) è molto meno traumatico effettuare una diagnostica endoscopica, con biopsia della cisti, riservando l'operativa ai soli casi risultati positivi piuttosto che iniziare direttamente con l'intervento chirurgico specie se laparotomico (con apertura dell'addome).

La terapia medica può fare diagnosi secondaria ex iuvantibus (letteralmente 'da ciò che giova') In quanto se dopo un periodo, sono sufficienti tre mesi, di trattamento con farmaci la cisti non è scomparsa, essa è probabilmente di natura organica ed in ogni caso necessita di controllo endoscopico con biopsia.