San Crisogono, di forme atletiche, visse per due anni incatenato nella casa di san Rufo.
L'imperatore Diocleziano, ormai debole e cagionaevole di salute, ad un certo punto scelse come suo aiutante Galerio, nativo dell'Illiria, che si era distinto in molte battaglie contro i barbari.
Quest'ultimo, a poco a poco, lo raggirò, fino al punto di farsi assegnare il titolo di Cesare (nel 293), cioè il diritto a succedergli (cosa che poi non avvenne, avendo dovuto riconoscere "Cesare" ed imperatore Costantino).
Cesare Galerio era figlio di una sacerdotessa pagana che odiava i cristiani e che spinse il figlio prima a far sacrificare agli Dei i suoi soldati e poi ad estendere la persecuzione a tutti i cristiani con vari editti, firmati dietro sua istigazione da Diocleziano.
La persecuzione più dura fu quella conseguente all'editto del 303.
Diocleziano, quell'anno, partì da Roma e giunse nel gennaio del 304 a Ravenna malfermo di salute, si fermò quindi in Istria tutta l'estate, per poi abdicare il 1O maggio del 305, ritirandosi a vivere in Dalmazia.
Nell'estate del 304 si fece condurre da Roma San Crisogono che, condannato a morte, fu ucciso ad Aquileia per decapitazione. Il suo corpo, buttato in mare, fu poi recuperato dal prete Zoilo e custodito prima in casa sua e poi ad Aquileia, fino alla distruzione della città da parte di Attila, avvenuta nel 452. La salma fu allora traslata a Zara ed ivi suddivisa in diversi reliquiari. Parte della testa è in un reliquiario a Cattaro, un'altra parte è a Roma, del braccio vi sono reliquie a Roma, Venezia e Zara.
Non si sa se la casa in Roma a Trastevere, che fu trasformata in chiesa col titolo di San Crisogono, fosse la sua o di Santa Anastasia o se, come è più probabile, fosse quella di San Rufo presso il quale era prigioniero. Sta di fatto che inizialmente la Chiesa Romana aveva in Trastevere tre titoli: quello di san Callisto (attuale basilica di S. Maria in Trastevere), quello di Santa Cecilia e quello di San Crisogono.
Il titolo di San Crisogono compare in un documento ufficiale per la prima volta nel Concilio Romano del 499, sottoscritto da "Petrus presbyter tituli Chrysogoni et Redemptus presbyter tituli Chrysogoni".
Nel secondo Concilio Romano del 595, indetto da papa san Gregorio Magno (590-604), nel quale viene redatto l'elenco dei centri titolari, si legge invece: "Johannes presbyter tituli Sancti Chrysogoni".
Questa chiesa passò poi ai Benedettini.
Papa Innocenzo III (1198-1216) la riaffidò al clero secolare, e fu gestita per un certo periodo dai Canonici di San Salvatore in Corte.
Innocenzo VIII (1484-1492), con bolla del 4 giugno 1489, la diede ai Carmelitani calzati della Congregazione di Mantova.
Nel 1543 vi si stabilì così anche la confraternita del SS. Sacramento e di Santa Maria del Carmine, organizzatrice della celebre festa di quartiere trasteverina, "la festa de noartri".
Pio IX, infine, con bolla del primo giugno 1847, la passò ai padri Trinitari, che la detengono tuttora.
Nella seconda metà del XIX secolo, due padri trinitari, Manfredini e Piccolini, notarono nella sacrestia il riafforare di reperti antichi, e ne avvisarono le autorità. Il barnabita P. Bruzza, presidente della Società dei cultori di Archeologia Cristiana, in una riunione del 1880 segnalò così che nel 1878 dal pavimento della basilica di San Crisogono era affiorato un capitello che faceva supporre la presenza di una sotttostante chiesa sotterranea. In base a ciò il padre Celestino Piccolini, seguito poi dal prof. Orazio Marucchi, il 4 giugno I907 iniziò gli scavi, i quali portarono alla scoperta della cripta della chiesa sotterranea, fatta costruire dal papa Gregorio III nel restauro iniziato nel 731.
In opposizione alla lotta iconoclasta lanciata dall'imperatore d'Oriente Leone III (716-740), detto l'Isaurico, Gregorio III (731-741), col suo editto del 725, indisse in Roma, al Laterano, un concilio per confermare la validità del culto delle immagini, ed all'uopo fece decorare questa abside e questa chiesa con pitture nelle quali si vede San Crisogono mentre converte San Rufo, e Santa Anastasia.
Questo dipinto è lungo il corridoio rettilineo, sulla parte di sinistra.

San Rufo è il primo a sinistra, veste una clamide militare rossa, su di una tunica gialla, raccolta sulla spalla destra da una fibula.

BREVE STORIA DELLA BASILICA

Sull'antica casa romana fu edificata una prima chiesa all’inizio del V secolo, che fu poi trasformata sotto papa Gregorio III (73I-74I), che vi fece costruire a fianco anche un monastero dedicato ai santi Stefano, Lorenzo e Crisogono, che diede ai monaci benedettini.

La chiesa di San Crisogono fu poi rifatta, lievemente sposta a fianco, quando ne divenne titolare, nel 1116, il cardinale Giovanni da Crema, e poi modificata nella attuale fisionomia barocca nel 1620, dopo che ne furono nominati titolari i cardinali Camillo Borghese e, successivamente, suo nipote Scipione Caffarelli Borghese.

I "BENEFICI" DI SAN CRISOGONO

Per la sua importanza, la chiesa di San Crisogono fu dotata di numerosi beni, e le appartenne anche il cimitero romano di San Pancrazio, nel quale vi sono diverse epigrafi che documentano l'acquisto di loculi dal presbitero titolare di San Crisogono, in quel tempo.
Come abbiamo detto, Gregorio III affidò questa chiesa ai monaci benettini profughi dall'Oriente, dotandola di diversi beni, fra i quali il casale della Nagliana con i terreni relativi (elencati anche nelle bolle di Callisto II e di Innocenzo II). In questo terreno, al V miglio della via Portuense, l’archeologo Giovanni Battista De Rossi, nel 1868, scoprì il cimitero di Generosa, sotto il monte delle Piche, ove in epoca romana era il tempio della dea Dia e veniva praticato il culto dai fratelli Arvali.
Nella cripta cimiteriale vi erano dipinti i fratelli martiri Simplicio, Faustino e Viatrice, ed un’altra figura designata col nome di Rufiniano che, dato il possesso della chiesa di san Crisogono, si pensò di identificare con San Rufo.
Il libro Pontificale dice che san Leone II (682-683) costruì una chiesa in Roma "iuxta Bibianam", ove fece trasportare i corpi dei fratelli martirizzati e sepolti nel cimitero di Generosa: ma nulla dice riguardo Rufiniano o Rufo.
Il Comune di Roma, ingannato da questi fatti, dedicò nei pressi della catacomba di Generosa una strada a San Rufo.