La Chiesa di San Francesco in Ostra, insieme al convento dei frati Minori Conventuali, risale almeno al 1279. L'attuale chiesa, tuttavia, è stata costruita intorno alla meta del XIV secolo come "ecclesia nova Fratrum Minorum", ma subito divenne anche "ecclesia Comunis" e fu sempre considerata come la seconda "casa del Comune": infatti qui si riunivano il Consiglio generale ed il Parlamento; qui in un armadio, situato nella sacrestia, si conservano le principali carte del Comune. In questa chiesa sono venerate, probabilmente fin dal XV secolo, le reliquie di San Gaudenzio da Rimini, dapprima collocate sotto il campanile,    in    seguito   nella   cappella
appositamente costruita e dedicata al santo. Nel XVIII secolo, dopo il disastroso terremoto del 703, la chiesa venne restaurata ed il convento non solo riparato, ma notevolmente ampliato con l'aggiunta di una nuova ala, che gli ha conferito l'attuale imponenza. Nell'800, a causa delle leggi di soppressione degli ordini religiosi, la chiesa ed il convento di San Francesco conobbero varie peripezie, fino a quando dopo l'annessione delle Marche al Regno d'Italia, i frati minori conventuali vennero espulsi definitivamente ed i loro beni incamerati dallo Stato. Ne divenne "consegnatario" il Comune, che affidò la chiesa ad un cappellano affinchè la officiasse. Nel 1884, tuttavia, l'amministrazione comunale decise di trasformare la chiesa nel "mercato coperto cittadino". Solo l'opposizione della cittadinanza e delle autorità religiose fecero sì che la chiesa non fosse demolita, ma solo arretrata in modo da dar luogo ad un porticato sia sulla facciata sia sul lato sinistro con la conseguente demolizione della quarta cappella a destra e del primo altare a sinistra. In seguito con le successive amministrazioni comunali i rapporti divennero più tranquilli tanto che, essendo la chiesa parrocchiale di Santa Lucia "angusta, umida e oscura", si giunse nel 1899 alla permuta di questa con la chiesa di San Francesco, anche per il fatto che in quest'ultima erano custodite le spoglie del Santo Patrono della città. Ecco perchè questa chiesa di San Francesco è divenuta sede della parrocchia di Santa Lucia.
 
 
La chiesa, oltre l'altare maggiore, ha quattro altari laterali a sinistra e, a destra, quattro cappelle, costruite n diverse epoche. Nel primo altare, entrando a sinistra, è conservata una tela del sec.XVI raffigurante il Crocifisso con i santi patroni di Ostra, Gaudenzio e Francesco d'Assisi. Il secondo altare è intitolato a San Michele Arcangelo, già compatrono della città di Ostra. La cornice presenta altri tre dipinti di forma circolare, di cui due posti al centro e rappresentanti due santi, ed uno in alto raffigurante San Sebastiano. Il terzo altare è intitolato alla Madonna del Rosario, che è raffigurata con Bambino, San Domenico e San Francesco. Il dipinto è, in parte, copia della Madonna del Rosario di F. Barocci (1535-1612), conservato presso la pinacoteca diocesana di Senigallia, con cui presenta una stretta analogia, specie negli angeli che sorreggono la Vergine. Intorno alla pala d'altare ci sono 14 piccole tele dipinte ad olio inserite nella cornice di legno, datata 1601, e raffiguranti i misteri del Rosario. Nel quarto altare, un tempo dedicato a San Gaudenzio, in quanto addossato al campanile ove erano custodite le reliquie del Santo, è conservata una tela raffigurante San Longino, Madonna con Bambino, Sant'Antonio di Padova e Sant'Agata del sec. XVII. Sull'arco del presbiterio un affresco rappresenta l'incoronazione della Vergine Maria, attorniata da Santi Francesco, Chiara, Elisabetta e Luigi IX. Avanti al presbiterio, a sinistra è collocata la statua di San Francesco, opera di Bartolomeo Silvestri da Verrucchio (1673-1759), a destra quella di Sant'Antonio di Padova. Nel presbiterio a sinistra è conservata una tela raffigurante Madonna con Bambino in gloria e San Bernardino, datata 1585; a destra Madonna con Bambino in gloria e i santi evangelisti Giovanni e Matteo. L'ancona absidale, in legno intagliato e dorato, con colonne tortili decorate con tralci di vite e grappoli d'uva, ospita la statua di Santa Lucia, titolare della Parrocchia. La prima cappella a destra del presbiterio è quella del SS.mo Sacramento. Sulla parete a sinistra è posto un monumento funebre in pietra grigia con stemma della nobile famiglia Gabuzi, nella parete di destra c'è un affresco raffigurante Madonna con Bambino, detta la "Madonna della Buona Morte". La seconda cappella, eretta nel 1594, è dedicata a San Gaudenzio, il cui corpo è custodito in un sarcofago in pietra scolpita, mentre la testa è venerata a Rimini. Tutti i dipinti della cappella sono attribuiti a Filippo Bellini (1550-1604). La pala d'altare rappresenta la Madonna con Bambino in gloria e il martirio di San Gaudenzio. La terza cappella è dedicata alla Madonna Addolorata. Un tempo era una cappella intitolata alla Concezione, alla quale si riferiscono le iscrizioni nell'intradosso dell'arco. In seguito vi si cominciò a venerare l'immagine della Madonna della Buona Morte e in tempi più recenti la Vergine Addolorata. Ambedue queste ultime immagini, hanno operato il miracolo del movimento degli occhi nel 1796. Sotto l'altare è conservato il corpo di San Bonifacio, martire romano, portato ad Ostra nel 1786. La quarta cappella è quela del fonte battesimale, di pietra bianca scolpita, fatto costruire a proprie spese nel 1701 dal Rettore della chiesa di Santa Lucia, Giovanni Claudio Agabiti di Mondavio. Sull'altare il quadro raffigurante la Madonna del Carmine proviene dalla demolita chiesa di San Nicolò. Sulla Cantoria un organo ottocentesco.