Una piccola chiesina esisteva in questo luogo fin dall’inizio del 1500; nella seconda metà di questo stesso secolo fu ricostruita con l’unita casa e nel 1542 fu affidata alla Confraternita della Buona Morte che ampliò poi la casa annessa.
Nel 1588 la chiesa fu affidata dalla Confraternita agli Agostiniani che si stabilirono nella casa e qui rimasero fino al 1653; fiorirono in questo periodo religiosi di singolare virtù vissuti in concetto di santità.