Prima di entrare nel dungeon, come ho detto, dovrete affrontare una noiosissima sezione di "salita" utilizzando i fantocci appena ottenuti per tenere premuti dei pulsanti, i quali muoveranno dei cubi che vi permetteranno di salire. Utilizzateli sempre nello stesso ordine sui pulsanti che trovate man mano che salite (non usate Deku Link perché è troppo leggero), e dovreste arrivare all'entrata senza troppi problemi, a parte i massi rotolanti ed i laser... che pizza! Appena arrivati in cima attivate la statua a forma di gufo. Nella prima stanza della Stone Tower entrate nella porta a sinistra per accedere ad una stanza con alcuni interruttori. Prima di tutto, fate saltare il muro che vi ritroverete davanti appena entrati per scoprire un locale che contiene alcune casse. Poi suonate la Elegy of Emptiness su tre pulsanti, utilizzando Link normale, Zora Link e Goron Link (quest'ultimo sul pulsante più grande). Sull'ultimo interruttore piazzate una delle casse piccole che avete trovato nel locale nascosto. Si aprirà una grata per la prossima area. Piazzate una Bomba nel centro del cortile, dove vedete un quadrato di colore diverso, e potrete accedere ad un'altra area, piena di lava. Mettetevi la Goron Mask e smetterete di preoccuparvi di questo. Sconfiggete i quattro Armos a suon di pugni ed apparirà un Box con la prima Small Key. Salite le scale per ritrovarvi nel cortile e, con la Small Key guadagnata, aprite la porta chiusa a chiave. Sarete in una stanza con una grande piscina che dovrete attraversare con Zora Link. Sul lato opposto rispetto a dove siete entrati troverete un Box con una Small Key (fuori dall'acqua). Riimmergetevi ed entrate in un condotto subacqueo. Nella prossima stanza, continuate a camminare sul fondo per schiacciare un interruttore, prima di risalire in superficie. Colpite con una Fire Arrow un interruttore congelato a forma di occhio. Poi mettetevi sotto il cono di luce ed usate il vostro Mirror Shield dirigendo il fascio di luce riflessa verso lo specchio. Caricatelo per circa un minuto (per fare questo non dovete cambiare l'angolazione del fascio di luce riflessa dal Mirror Shield, altrimenti il gioco penserà che avrete finito di caricare), poi andate verso la luce che viene riflessa dallo specchio e sempre con il Mirror Shield mandatela contro il blocco gigante con il simbolo del sole che vi impedisce di andare avanti. Proseguite e nella prossima stanza prendete a pugni la colonna al centro trasformandovi in Goron Link, per rivelare un altro cono di luce. Stavolta il puzzle è più complicato: dovrete caricare un primo specchio, poi con questa luce riflessa caricarne un secondo, infine proiettare il fascio su un altro blocco con il simbolo del sole. La prossima stanza è molto insidiosa, si tratta di un lago di lava con delle ventole che mandano dell'aria verso l'alto. Trasformatevi in Deku Link e lanciatevi con il Deku Flower, poi volate passando sopra tutte le ventole per "ricaricare" la vostra capacità di volare. L'ultima ventola sarà molto lontana dalla penultima, quindi per raggiungerla potreste aver bisogno di fare più di una prova. Passate un'altra stanza per incontrare il Garo's Master. Se avete combattuto contro uno dei Garo sparsi per Ikana (non è necessario, ma se indossate la Garo's Mask li vedrete), sappiate che non basta parare un suo colpo e poi restituirglielo mentre è indifeso: questo mini-boss richiederà un po' più di strategia. Quando si fa avanti per colpirvi, all'ultimo momento schivate e, mentre il Garo's Master è confuso, colpitelo alle spalle. Ogni tanto scomparirà per riapparirvi addosso, ma non fatevi prendere dal panico. Una volta sconfitto avrete le Light Arrow, che presto vi serviranno per poter accedere alla seconda parte del dungeon, che altro non è se non la sua versione capovolta. A meno che non vogliate prendere una Stray Fairy (andando avanti e sconfiggendo l'Eyegore, più giù vi spiegherò come fare), tornate all'entrata del dungeon e poi uscite, saltate sul primo masso e poi caricate una Light Arrow, che sparerete al simbolo rosso sotto la porta della Stone Tower per invertirla.
Questa parte del dungeon vi farà venire il mal di testa, perciò cercate di sbrigarvela prima possibile. Entrate nella porta a destra. Vi ritroverete nella versione capovolta della stanza con la piscina. Lanciatevi da un Deku Flower e usate le ventole per spingervi in una piccola nicchia con un interruttore che dovete premere per far comparire un Box con una Small Key. Prendetela, poi sempre volando ed usando le ventole, andate fino alla porta chiusa. Usando Goron Link rotolate sul fuoco per passare la stanza. Nella prossima area troverete un piccolo puzzle: prima di risolverlo fate piazza pulita di eventuali nemici che potrebbero ostacolarvi. Per risolvere il puzzle dovrete spingere il blocco nella giusta maniera, ruotando la stanza per farlo finire nel punto giusto e infine farlo cadere su un interruttore che aprirà la porta per la prossima stanza. Oltrepassatela e dovrete ancora una volta combattere il Wizrobe. Per chi si fosse perso la mia spiegazione per Snowhead, ecco come sconfiggere questo nemico: tenendo d'occhio i teletrasportatori, aspettate che Wizrobe appaia in uno di essi, poi mentre saltella girando su se stesso colpitelo. Dopo qualche colpo genererà delle copie evanescenti di sé, non avrete da fare altro che individuare la sua versione "solida" e colpirlo prima che vi lanci qualche schifezza. Una volta sconfitto usate l'Hookshot per agganciarvi ad un Box e poi uscire dalla stanza tramite le scale. Nella prossima stanza dovrete utilizzare i Deku Flower per superare il burrone... cielo... qualunque cosa sia. Nella prossima stanza ci saranno dei Dead Armos a fare da guardia al labirinto (quello dei pulsanti da schiacciare con l'Elegy of Emptiness), mettetevi la Stone Mask e non avrete fastidi. Nella prossima stanza dovrete attraversare un altro "cielo", ma questa volta la faccenda sarà più difficile. Prima di tutto liberatevi delle mine con l'Hookshot o le frecce. Poi lanciatevi col Deku Flower e volate fino alla nicchia alla vostra sinistra. Prendete quest'altro Deku Flower per arrivare sino alla porta. Rifornitevi di magia poi passate oltre, perché dovete sconfiggere il nemico a guardia della Boss Key: Gomez. Prima di tutto fate scappare i Keese che lo circondano con una Light Arrow, e colpitelo mentre è indifeso. Tenetelo sempre agganciato ed evitate la sua falce. Dopo aver ottenuto la Boss Key, tornate indietro, ma stavolta invece di superare di nuovo il maledetto burrone o quello che cavolo è, deviate sulla sinistra, e vi troverete in un piccolo angolo della prima stanza del dungeon. Colpite il Dead Armos con una Light Arrow per capovolgerlo (sì, proprio come avete fatto per il tempio intero), poi ammazzatelo con la vostra spada. Ora potete schiacciare l'interruttore per far apparire un Box capovolto che potete usare come bersaglio per il vostro Hookshot. Entrate nella porta lì vicino e combatterete l'Eyegore. Il trucco per sconfiggerlo sta nello sparare una Light Arrow nel suo occhio quando lo scopre, poi colpirlo con la spada quando è immobilizzato. Una volta sconfitto potrete proseguire per aprire un Box con la Giant's Mask, proseguite ancora e vi troverete nella stanza del boss della Stone Tower.
Per battere i vermi giganti in stile Lanmola/Moldorm, avrete bisogno della Giant Mask che avete trovato poc'anzi. Indossatela tenendo d'occhio l'indicatore di magia (che spero abbiate adeguatamente potenziato); vi consiglio caldamente di portare con voi almeno una Magic Potion. Ora che siete abbastanza grandi, prendete di mira uno dei due colpendolo alla coda. Se lo colpirete, il verme emetterà un verso di dolore. Alcuni colpi ciascuno dovrebbero rendere storia anche i Twinmold. Non c'è davvero una tecnica precisa con cui sconfiggerli, basta colpire la loro coda prima che ritornino sotto la sabbia. Impresa, invero, più facile a dirsi che a farsi, per questo potreste impiegare molto più tempo del previsto e finire tutta la magia a vostra disposizione. Attenzione quindi.