Questa è la sottotrama più importante di Majora's Mask. Potete concluderla in vari modi, solo uno dei quali aggiungerà una scena al finale del gioco e permetterà di rendere felici i due promessi. Per prima cosa avrete bisogno della Kafei's Mask per "attivare" la sottotrama; per poter completare il tutto, necessiterete della Garo's Mask per poter entrare nell'Ikana Canyon; inoltre è altamente raccomandata la Stone Mask. Se volete sapere come ottenere queste maschere, date un'occhiata alla Pagina delle maschere prima di proseguire.
Verso l'una/le due del Primo Giorno, andate allo Stock Pot Inn nella East Clock Town ed aspettate che arrivi il postino con una lettera di Kafei per Anju (la locandiera). Finita la conversazione tra i due, indossate la Kafei's Mask e parlate con Anju, che vi darà un appuntamento alle 11.30 di notte nelle cucine (si trovano al piano inferiore, proprio dietro alla reception). Se volete avere libero accesso all'albergo anche di notte, aspettate fino a circa le tre del pomeriggio e parlate ad Anju senza maschera (non dovrete averle parlato prima, altrimenti lei si ricorderà che voi le avete già chiesto una stanza). Lei vi chiederà se avete una prenotazione, voi rispondetele di sì ed otterrete la chiave per una stanza (si trova al secondo piano ed è la seconda da destra), in cui si trova un Box contenente ben 100 Rupee. Altrimenti, se non avete ottenuto la chiave, aspettate che passino le 8.30 di sera, poi trasformatevi in Deku Link ed usate il Deku Flower per salire al piano di sopra dell'albergo ed entrare dalla porta di servizio. Anju vi consegnerà una lettera e vi pregherà di imbucarla la mattina seguente. Aspettate, oppure usate la Song of Time Compression, ed imbucate la lettera in una delle cassette (quale è indifferente), facendo per "parlare" con essa ed introducendo la lettera quando vi chiede di assegnarla ad uno dei tasti C. Nel pomeriggio, prima delle tre, fate in modo di trovarvi nella Laundry Pool. Di lì a poco arriverà il postino per consegnare la lettera a Kafei. Quando quest'ultimo esce, voi correte verso la sua porta ed entrate mentre lui è distratto, poi aspettate che rientri nel salottino, e parlategli. Dopo la conversazione, Kafei vi consegnerà un ciondolo che dovrete portare ad Anju come prova che avete incontrato il suo fidanzato. A questo punto ci sono due cose che potete fare. Potete aspettare in città il pomeriggio dell'Ultimo Giorno ed entrare nella casa di Kafei per ricevere la Keaton Mask ed una lettera ad alta priorità, oppure potete recarvi ad Ikana per aiutare Kafei. Vi consiglio di intraprendere la prima strada, quando farete per la prima volta la sottotrama di Kafei ed Anju, così ve la toglierete. Con la lettera potete fare due cose (ed ovviamente non potete farle tutte e due la stessa volta, fatto sta che dovrete completare la sottotrama per tre volte se volete ricevere tutti gli oggetti):
Se invece volete completare il notebook di Kafei ed Anju, dovrete trovarvi all'Ikana Canyon, e invece di oltrepassare il fiume, appena entrati nell'area, andare verso destra e passare un arco di pietra, poi nascondervi dietro alcune rocce, dove si trova già Kafei; se volete parlategli, poi indossate la Stone Mask. Quando sarete vicini alle 6 pomeridiane, vi conviene suonare la Song of Time Reversion per rallentare il tempo, ne avrete bisogno. Quando il ladro Sakon entra nel suo nascondiglio, Kafei lo seguirà e voi, svelti, dovrete andargli dietro. Una volta dentro Kafei vi chiederà di rimanere su un bottone per permettergli di recuperare la Sun's Mask, che, posta su un nastro trasportatore, sta per essere trascinata fuori portata dal sistema di sicurezza (attivato grazie alla stupidità di Kafei!). Si aprirà una porta e voi dovrete prendere il controllo di Kafei. Come tale vi ritroverete a destreggiarvi per cercare di raggiungere l'interruttore blu, che apre l'altra porta e permetterà a Link di proseguire parallelamente; ricordate che gli interruttori gialli rallentano il nastro trasportatore, mentre quelli rossi ne aumentano la velocità. Se non riuscite a risolvere il puzzle prima che la Sun's Mask abbia raggiunto il limite destro della stanza, avrete perso e non vi resterà altro che tornare al Primo Giorno. Una volta toccato l'interruttore, prenderete il controllo di Link, con il quale dovrete invece sconfiggere dei nemici di abilità crescente. Uccisa la pianta, sarà di nuovo la volta di Kafei, che dovrà muovere dei blocchi per premere un altro interruttore blu, poi riprenderete il controllo di Link, che questa volta dovrà affrontare due piante, per sbloccare la prossima stanza di Kafei che ovviamente è la più complicata. Andate in fondo alla stanza e togliete dalla vostra strada il blocco; poi andate nella nicchia con l'interruttore rosso (dovrete farlo....) e spingete il blocco in mezzo sull'interruttore giallo; in questo modo avrete spianata la strada (muovendo un altro paio di blocchi) per l'interruttore blu. Come Link questa volta dovrete affrontare un Wolfos, colpitelo quando abbassa la guardia e difendetevi con lo scudo negli altri momenti. Dopo questa battaglia Kafei riavrà la Sun's Mask, voi trasportatevi alla Clock Town tramite la Song of Soaring che vi porterà alla statua di gufo che si trova lì. Andate alla East Clock Town, nello Stock Pot Inn, e salite le scale per poi entrare nella prima porta che incontrate (quella che prima non vi era permesso di aprire perché Tatl diceva che si trattava di una stanza solo per gli addetti). Aspettate fino all'ultimo minuto che arrivi Kafei (vi conviene suonare un'altra volta la Song of Time Reversion per accelerare il momento della conclusione), e poi assisterete ad una scena alla fine della quale riceverete la Wedded Couple's Mask; poi potete pure suonare la Song of Time per tornare al Primo Giorno.