San Crisogono visse per due anni incatenato nella casa di san Rufo.
L'imperatore Diocleziano, ormai debole e cagionevole di salute, ad un certo punto scelse come suo aiutante Galerio, figlio di una sacerdotessa pagana che odiava i cristiani e che spinse il figlio prima a far sacrificare agli Dei i suoi soldati e poi ad estendere la persecuzione a tutti i cristiani con vari editti, firmati dietro sua istigazione da Diocleziano.  La persecuzione più dura fu quella conseguente all'editto del 303.
    Diocleziano, quell'anno, partì da Roma e giunse nel gennaio del 304 a Ravenna malfermo di salute, si fermò quindi in Istria tutta l'estate, qua si fece condurre da Roma San Crisogono che, condannato a morte, fu ucciso ad Aquileia per decapitazione. Il suo corpo, buttato in mare, fu poi recuperato dal prete Zoilo e custodito prima in casa sua e poi ad Aquileia, fino alla distruzione della città da parte di Attila, avvenuta nel 452. La salma fu allora traslata a Zara ed ivi suddivisa in diversi reliquiari.
    Non si sa se la casa in Roma a Trastevere, che fu trasformata in chiesa col titolo di San Crisogono, fosse la sua o di Santa Anastasia o se, come è più probabile, fosse quella di San Rufo presso il quale era prigioniero. Sta di fatto che inizialmente la Chiesa Romana aveva in Trastevere tre titoli: quello di san Callisto (attuale basilica di S. Maria in Trastevere), quello di Santa Cecilia e quello di San Crisogono.
    Nella seconda metà del XIX secolo venne notata nella sacrestia il riaffiorare di reperti antichi, un capitello che faceva supporre la presenza di una sottostante chiesa sotterranea. In base a ciò il 4 giugno I907 iniziarono gli scavi, i quali portarono alla scoperta della cripta della chiesa sotterranea, fatta costruire dal papa Gregorio III nel restauro iniziato nel 731; egli fece decorare questa abside e questa chiesa con pitture nelle quali si vede San Crisogono mentre converte San Rufo, e Santa Anastasia.
Questo dipinto è lungo il corridoio rettilineo, sulla parte di sinistra.