IMPORTANTE: Una volta imparata la Song of Time avete automaticamente a disposizione altre due melodie che vi potranno aiutare. Quella che userete più spesso per risolvere templi sarà la Song of Time Reversion (C-Down, A, C-Right, C-Down, A, C-Right) che rallenta di circa 1/2 la velocità dello scorrere del tempo. Quando avete da sistemare le cose in una locazione e poi fare un tempio, è l'ideale. Se invece volete andare avanti velocemente per vivere un evento che ha luogo solo in un dato momento dei tre giorni, dovete suonare la Song of Time Compression (C-Right, C-Right, A, A, C-Down, C-Down) che vi spedisce fino al giorno o alla notte successivi, a seconda che vi troviate (rispettivamente) in una notte o in un giorno.
Tornati al Primo Giorno, entrate di nuovo nel varco dimensionale dove vi aspetta l'Happy Mask Seller per imparare la Song of Healing. Poi è il momento di pensare alle "cose serie". Per prima cosa, occupiamoci di ciò che è indispensabile per finire il gioco. Prima però vi conviene fare una cosetta che vi sarà utile se volete completare la storia esplorandone tutti gli aspetti (o quasi). Andate all' East Clock Town e dite la parola d'ordine al ragazzino che fa la guardia all'accesso per l'osservatorio. Entrate e poi uscite, e riceverete dal capo dei Bomber il Notebook, in cui verranno automaticamente annotate delle informazioni su tutti gli abitanti di Termina che hanno bisogno del vostro aiuto, man mano che li incontrate. Poi è il momento di proseguire. Il vostro primo compito sarà di raggiungere la Southern Swamp, che come si può intuire dal nome, si trova passando per l'uscita sud della Clock Town. La guardia vi lascerà passare, ora che avete una spada, quindi imboccate la porta che trovate nella South Clock Town ed andate sempre dritti. Prima di entrare nel territorio delle paludi, assisterete ad una scena in cui Tatl racconterà come lei ed il fratello Tael hanno incontrato lo Skull Kid. Poi dovrete oltrepassare ancora un'area per accedere alla (desolata) panoramica del nuovo scenario. La "palafitta" che vedrete appena entrati è l'ufficio per prenotare le gite in barca; sfortunatamente Koume, la vecchia addetta all'organizzazione, è assente (ma voi avete capito perché una delle due Twinrova deve essere l'organizzatrice delle gite in barca?!). Una cosa prima di proseguire: ora che avete la spada vi conviene cominciare a colpire tutte le statue di gufo che vedete in giro, visto che vi torneranno utilissime entro breve (ed inoltre tramite esse potete salvare il gioco nell'esatto punto in cui vi trovate per evitare di dover rifare tutto daccapo tornando al Primo Giorno). Andate verso sinistra, e saltate di ninfea in ninfea come Deku Link, oppure nuotate come Link, arriverete ad una stradina con due vasi ai lati, che conduce alla casa di Kotake e Koume, salite le scale e troverete Kotake che gestisce un negozio di pozioni. Per ora non avete ancora bisogno di lei, dato che tra l'altro non avete Bottiglie! Uscite, e girate lì intorno finché non vedete una via con una cartello davanti. La via conduce alle Mystery Woods (con la musica delle Lost Woods, che in questo caso è completamente fuori luogo.... non vedo Saria in giro!!). Appena entrati vedrete una scimmietta, parlatele e seguitela evitando le tartarughe, alla fine del percorso troverete Koume stesa per terra che vi chiederà aiuto. Tornate indietro e parlate con Kotake nella sua casa, per avere gratis una Bottiglia con dentro una pozione ricostituente per Koume. Seguite di nuovo la scimmietta fino alla strega, e quando ve lo chiede tirate fuori la pozione e fategliela bere. In questo modo avrete la possibilità di accedere alla parte più interna della Southern Swamp tramite un bel giretto in barca! Prima di cominciare il viaggio parlate col gestore dell'ufficio turistico per ottenere il Pictograph Box.
Arrivati al Deku Palace, tenete conto che l'acqua nei dintorni è inquinata, quindi potrebbe non essere una grande idea provare a farci un bagnetto con Link. Andate piuttosto dritti davanti a voi e una volta oltrepassata la porta sarete nell'area in cui abitano i Deku. Dunque trasformatevi in Deku Link (ma no!) e parlate con le due guardie per entrare. Invece di obbedir loro, però, voi andate nel giardino a destra della sala del trono, ed evitando le guardie (Ocarina of Time docet), raccogliete tutte le Rupee (vi serviranno...) e proseguite fino a trovare un buco in cui dovrete cadere. Qui, alla vostra sinistra appena entrati, c'è un venditore di Magic Beans che ve ne darà un pezzo alla modica cifra di 10 Rupee. Prima di risalire prendete un po' d'acqua dalla "pozzanghera". Adesso tornate all'ingresso (o fatevi pizzicare da una delle guardie; il risultato è uguale) e, prendendo il passaggio alla vostra sinistra (volgendo le spalle alle due guardie), saltate di ninfea in ninfea fino a trovare una lingua di terra con un quadrato di suolo soffice in cui piantare i vostri semi, che andranno poi innaffiati con l'acqua che avete imbottigliato. Salite sulla foglia di fagiolo per arrivare ad un'apertura da cui potete attraversare tutti i giardini del palazzo saltando dai Deku Flower. Non dovrebbe trattarsi di un compito troppo impegnativo, fermo restando che dovete stare attenti ai Deku posti a guardia in alto, che vi spareranno Deku Nuts. Tra l'altro non sono più "timidi" come lo erano in Ocarina of Time; anche se vi avvicinate molto continueranno a sparare. Proseguite fino all'apertura che vi porterà all'interno della gabbia della scimmietta, parlatele e tirate fuori il vostro set di trombe, così vi insegnerà la Sonata of Awakening per entrare nel Woodfall Temple, anche se tale melodia si presterà anche ad altri usi.
Ora, sempre partendo dall'uscita del Deku Palace, andate di nuovo a sinistra, ma fermatevi dove c'è un cartello che indica la scorciatoia per il Woodfall Temple. Usate il Deku Flower per portarvi fino all'entrata, e sarete nella parte alta del paesaggio intorno al Deku Palace. Saltate "di fiore in fiore", evitando le Dragonfly. Ad un certo punto atterrerete su una piattaforma con una pietra che porta un'incisione, e parlerete con un gufo (reminescenza di Gaebora??) che vi dirà di leggere le note scritte sulla pietra; imparerete la Song of Soaring, che può trasportarvi velocemente da un luogo di Termina all'altro grazie alle statue di gufo disseminate ovunque, a patto che siano state sbloccate da un colpo di spada (che vi dicevo prima?). Proseguite fino ad arrivare a Woodfall, che è una serie di piattaforme con Deku Flower dai quali dovete lanciarvi fino ad arrivare ad un "gazebo" con una statua di gufo, alcuni vasi ed un rialzo con un Deku disegnato sopra. Come Deku Link salite sul rialzo e suonate la Sonata of Awakening per far emergere il Woodfall Temple, che potrete raggiungere grazie al Deku Flower lì vicino.