Al centro del coro vi è la consolle dell'organo. Essa funziona con trasmissione elettrica e racchiude tre tastiere di 61 tasti e una pedaliera con 32 pedali.

La "registrazione" comprende 62 placchette per il comando dei registri reali-sonori in numero di 40 e di registri meccanici in numero di 26. Oltre a una fila di 6 pistoncini per ogni tastiera di combinazioni fisse, la consolle dispone di 6 pistoncini per le registrazioni componibili con segnalazioni luminose. Così pure al pedale vi è una serie di pistoncini funzionanti al semplice tocco.

Questa centrale dell'organo che è la consolle riunisce in se tutti i comandi dello strumento che è installato in fondo al coro: una fila armoniosa di canne ne fa ammirare la bellezza esterna.

Ma per comprenderne tutta la complessità bisognerebbe entrare nella cella organaria. Dentro vi è uno scompartimento chiuso per il motore e ventilatore in modo che all'esterno non si senta alcun rumore.

Vi sono inoltre tre somieri, i canali di conduzione dell'aria e ben 2500 canne. Tutte queste canne hanno i registri tradizionali di fondo della scuola classica organaria.

È stato costruito nel 1960 dalla ditta Tamburini di Crema, rinomata Casa organaria famosa in tutto il mondo.

L'organo fu inaugurato il 3 dicembre 1960 con un concerto del M° Sandro Della Libera, del Conservatorio di Venezia. Nel 1980 fu ampliato con l'aggiunta dell'organo positivo, posizionato accanto all'altare maggiore: il lavoro fu eseguito dalla ditta Pinchi di Foligno.

In questo modo lo strumento è formato di tre corpi d'organo: il grande organo (G.O.), l'organo positivo (O.P.) e il recitativo

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