La gestione sta puntando molto anche sul settore "treni charter" anche su linee FS, possibile grazie alle Aln776.

La linea parte da Terni risalendo dalla conca, in direzione nord, i dolci pendii che la circondano fino a raggiungere Todi da dove segue il corso del Tevere fino a Sansepolcro in terra Toscana.

A Perugia Ponte San Giovanni (stazione in comune con le FS) una diramazione di 5,6 Km porta la ferrovia, con pendenze fino al 60 per mille, in prossimità del centro storico, terminando nella stazione di S. Anna, candidandosi a mezzo di trasporto pubblico urbano.

Ultimamente la FCU si sta integrando con le FS con servizi come il diretto Perugia S.Anna-L'Aquila via Todi-Terni e con l'attestazione di alcuni convogli FCU a Perugia C.le invece che a S.Anna per consentire ai pendolari il più semplice raggiungimento degli uffici qui dislocati. Inoltre i mezzi FCU vengono utilizzati per disimpegnare alcuni treni locali sulle linee umbre.

La linea svolge anche servizi merci, soprattutto tra Ponte S.Giovanni e Marsciano per rifornire di carbone (proveniente dal porto di Falconara con treni FS) la centrale di Bastardo.